数十年前にできた、超巨大な図書館を中心にした都市『図書中央市』。そこで暮らす少年、鳳月 湊は自分の事を魔女の末裔と言う少女、安立 千尋と出会う。「一緒に魔法の書を探す旅に出ましょ！」そう言う彼女に振り回され、2人は大量の本の中に足を踏み入れる。