辺境の少年セシルは、無尽蔵の魔力を秘めた特異体質「原石」として突然王都に招かれる。 だが道中、「原石」を狙う異端の魔術組織「黒父の使徒」に襲撃され、平穏な日々は一変する。 特務騎士団のクラリッサに救われ、魔導騎士養成機関「アカデミー」へ入学したセシルは、学園を襲撃した使徒に立ち向かうことを決意し、仲間と共に義勇軍「天馬遊撃隊」へ参加。 未知の力「第五元素」に目覚め、過酷な運命に立ち向かっていく──！