型破りで狡猾、一筋縄ではいかない孫のナリルと、彼の祖父である偉大な錬金術師にして陽気でエキセントリックな幽霊ニコラ・フラメル。 二人のいた世界において、錬金術は生まれ持った魔力がなくても魔法を行使可能にしてしまうため、大魔導士たちの権威を揺るがす禁忌の術であった。そんな危険な錬金術に手を出したせいで、二人は自分たちの世界からの逃亡を余儀なくされる。 そうして辿り着いたのが、ヒーロー協会が存在する現代の東京だった。 二人は現代の娯楽にすっかり魅了され、気ままな逃亡生活を満喫していた。 しかし、そんな天国のような日々にも追手が迫る。ナリルを抹殺するため、彼の姉が率いるホムンクルスの処刑部隊が現代へと送り込まれたのだ。