2069年の東京。 地表から600km上空で地球を覆う通信衛星が、本物の星座を闇に追いやり、高速宇宙エレベーターが量子人工知能の巣——ネストへと延びる。 国家基幹量子人工知能が世界を統治し、資源枯渇の予測に基づき「人類の八割を焼却せよ」と発案した八咫烏を、ようやく沈黙させてから十年が経った。 それでも街には、黒い雨が降る。 雨に打たれた人間は理性を失い、黒棺部隊がそれを狩り尽くす。 効率化と虚無が支配するこの世界で、 天才エンジニアの息子・アレフは「家族」を知らなかった。 科学者であり戦士である父・ジェラルドは、罪を背負い続けていた。 二人の前に立ちはだかるのは、過去そのものだった——。