2006年ストロンガーの時に地球から去った首領が地球に帰還した。 首領は今までライダーに敗れた組織を蘇らせ、再編し、日本壊滅作戦を開始する。 いち早く感知した、仮面ライダー達はこの作戦を阻止できるか[？]