世間に秘匿されている国家組織――忍機関。 そこでは忍者と呼ばれる存在が日々様々な任務に当たっていた。 一年前に抜け忍となった元忍者、土隠霧人は、高校の理事長を務める神宮寺灯香と出会い、四月から美星川高校に通うことになる。 美星川高校は一学年四クラス。Ｓクラスだけが特別で、芸能人やアスリートなどの有名人が集まるクラスだった。霧人は一般生徒として２―Ｃに配属されて――。