魔法が神の奇跡だと信じられる世界で、辺境の村に暮らす少年リオは魔法に憧れていた。 ある日、村を訪れた旅人から、魔法は粒子によって起こる自然現象だと教えられ、興味を持ったリオは、さまざまな本と実験を通して「魔力粒子論」を確かめ始める。 やがて彼は、失われた旧科学王国の知識と、魔法の真相へ近づいていく。