魔法少女は兵器である。未知なる魔法は科学で対抗することは不可能に近い。それほどの力を持つのが正義感の強いだけの年端もいかない少女であれば、誘拐や洗脳といった事案が起こるのも明白だった。 そんな企業で仕事をしていたものの魔法少女に殺されかけ、咄嗟に組織をあった主人公は…？