その少女は、子どもの目にも美しかった。透き通るように白い肌。一糸まとわず水と戯れる彼女の姿に静矢は呆然と見とれた。そして少女は白銀の翼と共に空へ帰っていった。あれから六年、日本は突如現れた謎の機甲少女たちに壊滅的な打撃を受けた。静矢は見た。赤黒く燃え上がる炎の中を舞い上がる、翼持つ十二人の少女の中に、あの日の少女、ルシャナの姿を。破壊と混沌に彩られた世界での不思議な出会いは、静矢を戦場へと誘ってゆく。