西暦2148年、太陽系外縁部で発見された量子構造体『エコー』の調査に赴いた物理学者・天城美月は、それが宇宙の法則を操作する異星文明の遺産であり、人類史が何度も改変されてきた証拠を発見する。エコーとの対話を通じて、文明の進化と自由意志の本質に直面した美月は、人類の未来を決定づける究極の選択を迫られる。