生まれてから一度も塔の外へ出たことのないライオンの少年・アッシュ。ゴミと死人を焼き続ける焼却塔での暮らしは、謎の兵士たちの襲撃によって一瞬で崩れ去る。絶望の中で彼が出会ったのは、言葉を話す黒いヘビ――古代文明の兵器《エクス》だった。閉ざされた世界しか知らない少年と、はるかな時を生きる兵器。二人の出会いは、滅びへ向かう世界の真実を巡る旅の始まりだった。