二十年前、巨大隕石の衝突による地殻変動で世界中の大陸は海へ沈んだ。 人類最後の生き残りは、巨大船「海上帝国フリーダムシップ」の上で暮らしている。 そんなある日、平和な学園生活を送る高校生・蒼真の目の前に、空から謎の死体が落下する。 生存者は船にいる八万人だけ――そう教えられてきた世界で、死体は一体どこから来たのか。 その事件をきっかけに、蒼真は世界に隠された巨大な秘密へと巻き込まれていく。