新暦1世紀。もはや人の住める環境ではなくなった地球を捨て、人々は空に浮かぶ島々で新しい生活を始めていた。

主人公 エリナ・イアハートは、失踪した父のペンダントの秘密を解き明かすため、世界各地を旅していた。
その旅路で、探偵のエドワード・シャーロックとその助手、イザベラ・フェリスと出会う。

ひょんなことから彼らの営むセレスティア探偵事務所に入社したエリナ。
彼女は次第に、この浮遊都市セレスティアの裏に隠された事件に巻き込まれていく...