魔族の魔術に為す術なく蹂躙され続けた人類は、一人の天才が作り出した防護結界〈イージス〉によって安寧の日々を享受していた。しかし、そんな防護結界も万能ではなく、未知の殺人魔術によって冒険者が殺されてしまう。〈魔術総合研究所〉結界強化班のジョンドと部下たちは、不死身の少女・クルスを幾度となく殺すことで防護結界を破った未知の魔術の正体を推理していく――。果たして生き残るのは人類か、それとも……。人類の命運は、謎多き男・ジョンドに委ねられた！