学校の昼休み、妖怪が見えてしまう新宮ユウスケ（あらみやゆうすけ）は、同じく妖怪が見える明星ミサキ（みょうじょうみさき）に、神隠しの謎を解決したいと相談を受ける。幼馴染の鳥居レイナ（とりいれいな）の身に危険が迫っていると知ったユウスケは、神隠しの原因を突き止め、神社へと走り出す。