ホムンクルスという人造の生命体と共存する世界。 とある町に暮らすイクノ・イル。 暴走したホムンクルスに襲われたイクノはオーリという少女型のホムンクルスに助けられる。 「私はあなたの両親につくられたホムンクルスです」 知らず知らずのうち、ホムンクルスの関わる陰謀に巻き込まれたイクノとオーリ。 二人は親に会うため、そして、真実を明らかにするため、最初で最後の旅にでる。