環境崩壊を止めるため、人類は新たな生命《ニューマン》を生み出した。 だが、急速に繁殖・進化した彼らによって生態系は逆転。人類は城塞都市《アーク》へ追い詰められる。 滅亡寸前の人類が生み出した最後の切り札――第十三適応体《CIEL-13》、シエル・アークライト。 可変光装兵器《ルクス》と多目的機装《イージス》を操る彼女は、人類の守護者としてニューマンと戦い始める。