西暦6735年（現代から約4700年後）、遠未来の日本列島には、さまざまな魔獣が蔓延していた。 　「大破局」から文明が復興して、1000年が経過した世界。 　若きユイとミオは、二人組のアマチュアの狩人として、魔獣を駆除することで生計を立てていた。 　二人はふとしたことから、未知の座標が刻まれた鍵を手に入れる。そして、クライオニクス技術によって時を渡った少年と出会い、不思議な冒険を始める……