ある雨の日。 青年シロは少女を拾う。 どう見ても神界から逃亡中の巫女であるその少女は、自らをミーコと名乗った。 父親捜しをしているというミーコ。 神界とはもう関わりたくないのに、手伝うことにしてしまうシロ。 二人を見守るシロの妹クロ。 やがてシロは、向き合うことになる。 自分の罪と、孤独と、未来に。