突如、世界に謎の生命体が現れ、たった3ヶ月の間に日本以外のすべての大陸が海の底へと沈んでしまった。人々はその生命体を『魔人』と呼び、唯一魔人に対抗できる『魔法』の力を持った少女達『魔法少女』が、日夜人類の存亡をかけた戦いを繰り広げていた。 そんな中、とある事故で命を落とした少年、『望木陽色』が地獄のような現世に生き返り、魔法少女達と関わりながら世界を救っていく物語。