闇の書事件の一年後のことである。とある闘技場で、改造したモンスターを戦わせて、お金を賭けるという違法なことをしていた。そこに時空管理局のフェイトとシグナムと小分隊が主催者と参加していた人を逮捕する。フェイトはその闘技場の最深部でクリスタルに入っている少年を見つける…