『リリィ・プログラム』――それは、リリィと呼ばれる人工生命体の少女を用いて、被験者の戦闘能力を強化する計画。 神の実在する世界で、神性体を管理する組織・神性庁に所属する百依日向は、この計画に選ばれた。 神を悪用した犯罪に対応し、平和を守るという使命の為に、謎多き少女・リリィとバディを組むことになった百依日向。 突如交差した二人の運命、そして押し寄せる新たな危機。二人は何のために戦い、そして何を得るのだろうか――。