西暦20XX年。核汚染によって生まれた異形の生物「原生生物」により、世界は衰退した。 生存圏を守る軍事組織《ストラトス・ARC》に所属する戦闘員フラリィは、ある日新たなバディを任される。 無愛想で合理主義なエリート戦闘員リズと、空気を読まず突っ走るフラリィ。 噛み合わない二人の任務は、今日もどこかズレていく。