航海から帰ってまた一文なしになったドリトル先生と動物たち。ついにみんなでサーカス団に入ることにしますが、サーカスの動物たちのひどい暮しに大憤慨。あわれなオットセイ脱出のために、先生の大冒険がはじまります。やがてだんまり芝居で大成功した先生は、悪い団長に代わってサーカスを率いることになりますが…。