地球低軌道コロニー《セレスティア7》で暮らす少年ユウリ・アマギは、独立同盟《ノクス》の襲撃に巻き込まれ、謎の白い機体ガンダム・オルフェウスに乗り込む。 幼なじみのミナたちを守るため戦ったユウリは、連邦軍特務艦《アスクレピオス》に保護されるが、敵司令官カイゼルはオルフェウスを執拗に追う。 戦うほど心を削るΩシステム。 そして機体に眠る、かつて戦争を止めようとした少女リセの記憶。 戦いたくない少年は、大切な人を守るため、戦争の中心へ進んでいく。