二二七〇年。 人工海上都市・神京都。 配送企業GDSAに勤めるシガン・ナミは、ある夜「PR-0001」と呼ばれる機密コンテナの緊急配送を担当する。 だが輸送中、都市監視網は突如沈黙し、正体不明の武装集団が襲撃を開始。 ナミは命令も支援もないまま荷物を奪還し、届け先へ配送を完了する。 しかし、それは全ての始まりだった。 存在しない輸送記録。 消された担当者。 封印された過去。 神京都の深部で眠る「亡霊計画」を巡り、第六課の調査が始まる。