裏アキバの森に生き埋めにされていた少女を救出した主人公。彼女の出生の謎を追い、謎の高層タワー＂長野ブロードウェイ＂を訪れます。一方、森で別の世界線から来た寄生生物の巣を発見、その弱点を見抜いて巣を全滅させるのでした。