ダンジョンが出現してから八十年。 三十一歳のＣ級探索者・佐伯蓮は、Ｆランクの東京第三ダンジョンで日銭を稼ぎながら暮らしていた。 ある日、第七階層で本来出現しないはずのレッドスライムを討伐する。 さらに第十階層ではゴブリン二匹と遭遇し、探索者庁へ異常を報告した。 探索者庁職員の高瀬と共に再調査を行った佐伯は、第十階層採掘跡の奥に未知の横穴を発見する。 その先には人工的に掘られた通路と古い採掘場のような広間が広がっていた。 広間で暮らしていた四匹のゴブリンを倒した二人は、さらに奥へ続く古びた木製の扉を見つける。 Ｆランクダンジョンのはずだった東京第三ダンジョンには、探索者庁すら知らない未踏区域が存在していた。