幻霊と呼ばれる普通の人には見えない存在を管理する秘密組織『幻霊管理局』、魂喰種《レイス》と呼ばれる魂を喰う幻霊を駆逐する『魂喰種対策室』の一番隊に配属になった新人の女性『狗井楓』は良い暮らしを夢見て奔走しつつ、隊長の『松猫尊』という13歳の少女と仲良くなる為に奮闘する。