超常現象が海を支配した世界。 中学生一年生であるアーサー・N・シラヌイは、いつも通り学校の授業をのんびりと受けていた。 しかしそんなある日、部活でラジカセを聴いていたら、マリンダストが発生したと言うニュースが入ってきた。 もちろん、マリンダストも超常現象の一つ。 本当は危ないが、アーサーは調査隊に志願しようと、おじいちゃんから受け継いだ潜水艦イーシラス号の、改造設計図を完成させたのだった。 そして、11日後。イーシラス号は完全に完成した。 終業式で校長に海についての宿題を出されて、科学部全員で調査隊に志願しようと提案した。 殆どがその提案に乗り、翌日調査隊に加わった。 しかし、その日の夜。 隊の地質調査潜水艦が日本海溝ボーリング調査をしていた所、アーサーの潜水艦に突如海底嵐が直撃。 日本海溝に沈んでいった。 沈む船内で起こるミステリー、その後の波乱な冒険。とくとこの冒険を見届けるのだ！！