10年ほど前から世界はある存在によって侵略されていた。 幻獣。火山の内部から現れ、ひたすら人間を殺すこの存在を人類はこう名付けた。 幻獣に対抗するかのように同時期に現れた魔法少女。若年女子におよそ1万人に一人の確率で産まれる存在である。 そして、陸上自衛隊陸上総隊隷下に一つの部隊が作られた。 魔法戦機動大隊である。