あの大災害が終結してから六年。 世界は再び平穏を取り戻したかのように見えていた。 ――だが、それはただの「偽りの静寂」に過ぎなかった。 「パズル」を巡る争奪戦が水面下で始まり、 その渦中で、手段を選ばぬ青色盗賊団が学園を爆破する。 その事件は、単なるテロでは終わらない。 神秘的なハッカーとの邂逅をきっかけに、 レインの穏やかな日常は音を立てて崩れ去っていく。 そして彼はまだ知らない。 自らが長く追い求めてきた「真実」が、 「パズル」の出現とともに、世界の運命を左右することになるということを――