この世界は魔術は異端とされ続け、魔女という種族は徹底的に処刑されてきた。そんな中で、魔女である主人公のシエル・ノクティスはどうして魔女と、魔術は異端とされなければいけないのか、魔術の良さを広めたい、この世間は間違っていることを証明するために旅に出た。