突如世界には《境界侵食》によって、世界は“向こう側”と繋がり始めたーー 空には巨大な月が浮かび、存在しない駅、逆流する雨、言葉が現実化する現象が東京各地で日常へ侵み込んでいく。 高校三年生の九条澪は、詩や歌、言葉が人の心を動かす力に憧れる女子高生。 ある夜、澪は存在しない駅《渋谷第十三駅》へ迷い込み、青い髪と虹色の瞳を持つ少年エンデと出会う。エンデは“向こう側”から来た漂流個体で、境界管理局から追われる存在だった。 エンデを守ろうとした澪は、自分の中に眠る“扉”の力を目覚めさせてしまう。やがて彼女は、自分がかつて処分された漂流個体アオの“最後の歌”を受信し続けていた存在だと知る。 澪はエンデを守るため、そしてアオの歌の意味を知るため、元・境界管理局の青織、古書店主の紫乃と共に東京湾深部を目指す。 そこは、アオが消えた場所。 そして、世界と“向こう側”を繋ぐ最も深い裂け目が眠る場所だった。