東洋の全体主義国家・大東亜共和国では、中学３年生対象の殺人実験「プログラム」を飽くことなく続けていた。鹿之砦中学３年２組の橋本真恋人はいつも不運な自分がその開催を引き寄せてしまうのではと危惧していたが、今年予定の50クラスは既に消化されたとの噂が届き、ようやく安堵して修学旅行に臨む。この年水面下で進んでいた共和国海軍の計画を知ることなく……。