高校二年生の水瀬光彩は、目立たないが観察力だけは鋭い女子高生。 ある日、放課後の教室で、誰もいないはずの席からノートが落ちる。 そこには、震える文字でこう書かれていた。 ――私を見つけて。 光彩はその席に、確かに少女がいると感じる。 声は聞こえる、気配もある、だけど姿は見えない。 その少女は、霧島遠子と名乗った。 遠子は一年前まで同じ学校に通っていたはずなのに、教師も生徒も、彼女の存在を覚えていない。出席簿にも、卒業アルバムにも、学校の記録にも名前がない。 遠子は言う。 「私は透明になったんじゃない。世界から消されているの」 光彩は遠子の存在を証明しようとするが、遠子に関わるたびに奇妙な現象が起きる。 遠子の名前を書いた文字は消え、録音した声は無音になり、写真には何も写らない。 そして、遠子のことを知った人間は、少しずつ彼女の記憶を失っていく。 やがて光彩は、学校の裏に隠された研究――「透明少女計画」にたどり着く。