普通の高校生・神代ユウトは、ある日“神社は神を祀っていない”という事実に気づく。 そこは祈りの場所ではなく、 かつて世界を滅ぼしかけた“存在”を封じる装置だった。 そして各地の神社には、それぞれ異なる「封印機構」が存在し、 破壊されれば封印は解け、災厄が現世に戻る。 しかし、なぜかユウトだけがその構造を“見抜ける”。 やがて彼は知る。 自分自身もまた、封印と深く関係する存在だということを──。