日本史には、なぜか“空白の時代”が存在する。 記録が曖昧な年、人物が削除されたように消えている事件。 高校生・神谷 恒一は、その違和感を調べるうちに、一冊の禁書『史外記』へと辿り着く。 しかしそれは、歴史の裏側──“消された異能者たちの世界”への扉だった。 戦国時代に紛れ込んだ見えない武士。 幕末で暗躍した記録抹消の異能者。 そして明治政府が隠した「歴史改竄機関」。 すべては偶然ではなく、“歴史そのものが戦場だった”という事実。 やがて彼は知ることになる。 自分自身もまた、その歴史に関わる存在であることを。