巨大暗殺組織〝ブラック・ロータス〟。その内部で突如として勃発した血で血を洗う派閥争いにより、多くの優秀なエージェントが命を落とした。 育ての親である老暗殺者を失った16歳の無口な天才少年・蛇喰美弦（じゃばみ みつる）。そして、罠にはめられチームの仲間を全員失った28歳の妖艶な美女・夜刀神朱音（やとがみ あかね）。 宙に浮いた形となった組織の〝最高戦力〟である二人は、上層部の緊急指令により、不本意ながらも突然バディを組むことになり――。