元軍人の警備車掌レオンは、銀河貨物列車スバル47号で星間貨物輸送に就いていた。 だがある日、スバル47号は海賊の襲撃を受ける。 狙いは全ての積み荷ではない。 編成の7両目に接続された、コンテナ車両だった。 見た目はどこにでもある普通の貨物コンテナ。 しかしその中には、本来なら銀河鉄道公社の貨物として扱われないはずの、星の経済を左右する重要戦略資源が積まれていた。 それを奪おうとする海賊。 背後で糸を引く巨大企業。 そして、故郷を守るために危険へ踏み込む令嬢。 レオンは相棒である機関車AIのシグレと共に、ただの貨物輸送から始まった星系規模の陰謀へ巻き込まれていく。