ミュータント国家クラコアを設立し、世界に居場所を創り出したＸ‐ＭＥＮ。しかし、戦いは終わっていなかった。ミュータントを滅ぼすと予言されている機械種族、反ミュータント主義を掲げる集団や植物学者…。次々と現れる新たな敵に立ち向かうミュータントたちに、安息の地は訪れるのか。