世界を記述する「裏コード（構文）」を書き換え、現実を改変するテロ組織『デコンパイラ』。 無意識に毎秒数億回の演算を行う天才デバッガーの少年ハジメは、世界のバグを修正する抗争に巻き込まれていく。 しかし、彼が世界を「正す（デバッグ）」たびに、大切なヒロインの存在データが世界から消去されていき——！？