西暦３３３３年。人類は気軽に宇宙に旅立てる時代になった。だが、まだ宇宙については何も解明されていない。 　プログラマー、ナイト・マコトノは人に近い心を持つAI、ココロを生み出し、宇宙探査苦戦ヤーヴァイ号に搭載する。その後、ココロを搭載したヤーヴァイ号は宇宙探索の任務で地球から飛び立つ。目的ある隕石の回収には成功したが、ココロに異変が起こる。