2080年。外宇宙探査機が、滅亡した異星文明の遺跡から「絶対記憶素子」と呼ばれる物質を持ち帰る。その解析のため、地球の統合AI「双子（ジェミニ）」の片割れである論理特化型プロトコル・カストルと、特異な共感覚を持つ言語学者・エメラインがペアを組む。 解析が進むにつれ、その素子に記録されていたのは、かつて宇宙の熱的死（エントロピーの最大化）を回避するために、自らの宇宙全体をシミュレートし続けていた巨大なAIの「記憶」であることが判明する。論理の果てに至ったその異星のAIが、最後に残した「たった一つの非論理的な行動」の謎を解き明かす中で、カストルとエメラインは知性と意識の真の目的に辿り着く。