聖戦は終わりを告げたがその最中、治癒の天使ニーアは兄フラムを失ってしまう。 治癒を司る力をメイスの結界によって封じられたことで傷だらけのまま死なせてしまった。その負い目を抱えたままニーアは主神メフルフィアの指示により地上に向かいう。そこでニーアは悪魔ジインと邂逅する。