銀河有機超文明連合は、版図を広げる恐るべき機械超文明からいまだ連合に参加資格のない低級文明惑星を秘密裏に防衛する前進基地設営プラントを開発。そのプロトタイプがワープ試験中に行方不明となる。 御祓中学校2年1組、いじめっ子に隠された万年筆を宵闇に探す主人公「彼方（おちかた）」と、生徒会の会議で帰りが遅くなった憧れの副会長「汐ノ宮」がでくわす教室に、それは人知を超えたステルス技術を展開しつつ激突する。