私立桜花高校一年一組の教室。 四時間目の授業中、黒板に赤い文字で『さくら殺す』と落書きが発見された。 先生が犯人を問い詰めるが、生徒たちは無視を決め込む。 そこで委員長の桜井吹雪が、場を預かると名乗り出る。 かくして副委員長の墨染美桜は、事件の調査に巻き込まれてしまう。