暴行事件の容疑をかけられた後、マコト・シンジは学校を退学させられ、東京へ送られる。 シンジは新しい街で、新しい学校、新しい友人たちとともに新たな生活を送ることを余儀なくされる。 その一方で、彼は不可解な事件や秘密、そして普通ではない人々に立ち向かわなければならない。 自らの真我（真我) の力を借りて、やがて影で活動する英雄となっていく。