探索者のラグネルが錬金術師見習いのミーナと出会ってから５年。 いまだにポンコツっぷりが顔を覗かせるミーナも、錬金術の到達点である《賢者の石》の錬成に挑むまでに成長していた。 必要な素材を探すために地竜の巣跡に潜る２人。 最高難度を誇る探索と錬成の果てに、ラグネルとミーナが迎えた未来とは。