姓なし、年齢も曖昧な流浪人・イルは、仲間のカノ、ゼン、小さな獣のタータと共に旅をしている。 ある日、「地面に空いた扉」の噂を追って東の森へ向かった四人は、古びた金属の枠をくぐると銀色の廊下へと引き込まれ、浮かぶ球体から光でできた少女の姿が現れるのを目撃する。 少女は自分を「機械」と名乗った。九十万年前に空へ打ち上げられ、人類を観察・記録し続けてきた存在だという。本体は遥か上空の「城」に浮かんでおり、目の前の少女はその端末に過ぎなかった。 少女はイルに取引を持ちかける。自分を旅に同行させてほしい、代わりに九十万年分の知識を分け与える、と。イルは彼女に「ソラ」と名をつけ、契約を結ぶ。 こうして四人と一匹、そして九十万年ぶりに地上に降りた機械の少女の旅が始まる。